Der Border Collie hat häufig wie auch der normale Collie einen MDR1-Gen-Defekt. Dies ist eine Überempfindlichkeit gegenüber verschiedenen Arzneimitteln.
Ebenfalls bekannt ist beim Border Collie die Collie Eye Anomaly (CEA). Dies ist eine vererbbare Augenerkrankung. Auch kommt bei diesem Hund vereinzelt die Canine Ceroid-Lipofuszinose (kurz: CL) vor. Dies ist eine unheilbare und tödliche Stoffwechselerkrankung.
Das Trapped Neutrophil Syndrome (kurz: TNS), eine Rückenmarkserkrankung, kann ebenfalls beim Border Collie vorkommen.